更新日志

本次更新的两大主角是引物结合分析与分子克隆模拟：引物结合位点检测更准、Tm 计算改用标准热力学模型，并新增简并引物支持；分子克隆改为按片段逐步处理，组装结果一图看懂。同时 Linux 下的编辑与滚动性能大幅改进，序列比对视图与色谱交互更强，还带来了文件分享等新功能。

✨ 新功能

• 引物结合分析（全面升级）：
  • 结合位点检测更准：插入与凸环不再被「一刀切」过度惩罚，位点按「退火碱基数优先、再比分数」排序，更容易找到真正的最佳结合位点
  • Tm 计算采用 SantaLucia 1998 最近邻热力学模型：凸环、错配、简并碱基均参与计算，独立引物与结合位点使用同一套算法
  • 新增简并引物支持：NNK 等含简并码的引物可直接分析
  • 引物跨模板缺失结合时按缺口对齐双臂，以三段结构清晰显示
  • 调参更直接：取消 strict/standard/relaxed 三档预设，参数在引物对话框内即时调整、全局生效，模板变更自动重算
  • 显示更清楚：相邻结果气泡自动合并、跨行引物补显名称、酶表新增切点数一列
• 分子克隆模拟（重构）：
  • 与「构建质粒」解耦：默认 1 个片段按需添加，每个片段一条处理链（限制性酶切 / PCR / 载体自连），每步生成可见的中间产物；修改上游参数自动清掉受影响的下游产物
  • 酶切步骤选齐酶即自动酶切，产物区间即时高亮并回标到原始序列（支持跨起点环绕）；酶列表跟随左侧图谱的酶池筛选
  • PCR 引物单条输入即可，自动区分 3′ 退火区与 5′ 延伸；引物成形后实时显示在图谱与序列视图
  • 两端接头相同的片段正反皆可连时，自动列出全部取向产物（按序列去重），产物页直接切换预览与导出
  • 组装示意图重画：载体开口骨架、黏性末端榫卯咬合、失败连接留空隙凸起，成败一目了然
  • 图谱 / 序列视图与打开质粒完全一致，支持上下分栏比例拖动与全窗口铺满
• 序列比对视图：
  • 比对区色谱图支持框选：选中一段色谱即选中对应参考序列区段并锁定条目；色谱条目色球改为高度拖杆，拖动即缩放峰幅（1/3–3×，双击复位）
  • 峰高显示更合理：常规峰接近满高，个别超强峰只裁平顶部，不再压矮整段
  • 匹配 / 错配配色更易读；比对标签锚定到比对起点，圆形图下半圈文字保持正立
  • 导入比对序列后自动跳转到第一个比对区，无需手动点击
• 文件与系统集成：
  • 工具栏新增分享按钮：把已保存的文件直接交给系统分享面板（Windows / macOS / Android），双端 FASTQ 会把 R1/R2 一起分享
  • 设置新增「关于本程序」页（使用条款 + 隐私策略）；另存为菜单按「推荐 / 其它」分组重组
  • 新增匿名使用统计：仅含安装标识与使用时长，每 7 天上报一次，可随时在设置中关闭；官网新增实时数据页展示系统分布
  • AI 翻译语言文件更稳：分段进行、失败自动重试、中断后可从断点继续
  • FASTQ 视图左下角补设置按钮；图谱双击酶切位点直接打开限制酶信息
• FASTQ（NGS）：
  • R1/R2 配对记忆跨运行形态共用：文件挪位置、换盘符也能识别；多选批量配对窗口按记忆自动预填
  • 序列分析报告在「带裁切锚点」口径下用颜色标出锚点区段（Top20 直方图与 Top100 表格同步显示）
  • 术语统一为「读段」；分析进行中取消立即生效，不再卡住

⚡ 性能与流畅度

• Linux 更顺滑：大型比对不再冻结窗口，序列视图滚动更快，启动更快
• 编辑更跟手：1Mb 级大序列的编辑不再卡顿，撤销 / 重做更轻快
• .gen 文件不再随编辑无限膨胀（自动精简编辑历史）
• 质粒库放在网络盘时，扫描明显提速

🐛 问题修复

• 修复 Linux「打开方式」列表不显示 GenePad、.gen 文件被系统识别为世嘉 ROM 的问题
• 修复分子克隆 / 电泳工具窗口跨窗口传参丢失
• 修复图谱 Ctrl 两点配对选区不生效、滚轮缩放时外层容器跟着滚动的问题
• 修复单行模式平滑跳转偶发被打断的问题
• 右键菜单点空白处可靠关闭，二级子菜单纵向避让不再截断
• FASTQ 配对询问框取消后不再残留窗口占位

完整变更：v0.6.8...v0.6.9

本次更新的主角依然是 NGS（FASTQ）测序数据：多选批量打开与拖拽配对、fastp 式裁切、拼接过滤、可溯源导出一应俱全；AI 助手学会了直接操作 FASTQ 文件，另有一批易用性与性能改进。

✨ 新功能

• 批量打开 + 拖拽配对：
  • 一次选中多个文件（打开对话框或欢迎页拖入均可）即可依次打开；包含 FASTQ 时会弹出配对窗口，把左右两栏文件拖到一起就组成 R1/R2，也能拖回退回单端、先建多对再逐对补齐
  • 不想手动拖？「一键自动匹配」会按首条 read ID 智能配对，配不上的保持单端
  • 确认前会逐对校验，配对不上的以红字提示留在行上
• fastp 式读级裁切处理：
  • 新增固定区间裁切、质量滑窗、polyG / polyX 清除、超长截断，与 fastp 软件同类功能行为一致
  • 开启后浏览视图和导出结果都按处理后的序列显示，「显示原文」随时可对照原始数据
• 拼接过滤：
  • 「仅保留成功拼接」滤掉没有重叠区域、只是首尾相接的双端 read
  • 重叠区错配过多的（大概率是假重叠）也会被排除；窗口未完整覆盖某一端的 read 整对剔除
• 裁切方向自动识别：
  • 自动判断 read 方向：判定为反向的双端文件自动交换 R1/R2，单端整条反向互补后再裁切显示，不会再出现「切反一侧」
  • 提供镜像开关，一键还原原始方向
• 导出可溯源：
  • 每条导出记录的头部都带处理痕迹标记（兼容 fastp 规则），下游分析管线可以直接解析它经过了哪些处理
  • 双端数据可以分别导出 R1/R2，也可以拼接成单条 _merged 文件；范围可选整个文件或已加载部分
• AI 助手学会处理 FASTQ：
  • AI 可以直接打开 FASTQ 文档（自动识别并校验 R1/R2 配对），帮你查询信息、搜索序列、翻译阅读框、做裁切、生成序列分析报告（可随时取消），还能添加临时局部标注
• 基因文件库：
  • 监视哪些文件类型现在可以自行勾选（默认勾选各序列格式；FASTQ 在清单中但默认不勾）
  • 重新打开库窗口时恢复上次的分类与路径；记录名称统一显示完整文件名，更好辨认
• 其他：
  • 设置页新增「查看最近更新」，最新一期更新日志可以在应用内直接阅读
  • macOS / Linux 的「检查更新」改为打开官网下载页，不再直链当前平台用不了的安装包
  • 压缩的 FASTQ 文件（裸 .gz）增加兜底关联，在系统关联失效的电脑上也能右键用 GenePad 打开

⚡ 性能与流畅度

• FASTQ 计数明显提速：双端 gz 快约 18%（实测每秒约 470 万条 reads），明文文件约快一倍
• 长片段拖选时视图随光标自动横向滚动，不必反复松手翻页
• 序列分析与全文件计数同时进行时自动互相让路，两个大扫描不再互相拖慢

🐛 问题修复与体验改进

• 修复 Windows 下偶发的第二次启动无法弹出主窗口的问题
• 配对记忆改为双向记录：无论以 R1 还是 R2 作为主文件重新打开，都能提示上次配对的另一端
• 修复更新窗口 / 日志窗口关闭后残留透明空壳的问题
• 多选打开后按单端处理的文件，不会再被反复询问单端 / 双端

完整变更：v0.6.7...v0.6.8

本次更新最大的变化是新增了 FASTQ 测序数据的浏览与分析功能，同时限制酶库扩充到原来的 3 倍多，并加入了一键 BLAST 查询。

✨ 新功能

• 全新：打开 FASTQ 测序文件：
  • 现在可以直接打开 .fastq / .fq 文件及其 .gz 压缩包，浏览测序数据
  • 自动识别单端 / 双端数据；双端文件的第二条序列按互补链配对显示，还能一键拼接出参考链
  • 打开文件即可看到 reads 总数、平均质量等统计；很大的文件不必等全部载入，随时可以继续加载后面的部分
  • 新增裁切：设置左右锚点挑出想要的 reads，一键导出为 .fastq.gz 压缩文件，中途可随时取消
  • 框选一段区域可以直接汇总导出 CSV，或生成一份「序列分析报告」（含数量统计与 Top20 直方图）
  • 浏览时支持六框翻译、随手添加临时标注、按 DNA 或蛋白质序列搜索
• 选中序列即可 BLAST：
  • 选中一段序列（或一个 CDS 标注）后右键，即可提交 BLAST 在线查询：NCBI 会自动填好序列直接打开网页；国内网络可选 CNCB，自动复制序列并打开浏览器粘贴即可
• 限制酶库大扩充：
  • 内置酶从 218 种增加到 765 种，覆盖 NEB 与 Thermo 全部目录，以前找不到的酶切位点现在都能标出来
  • 默认改用「NEB & Thermo」酶池，老用户会自动切换过去，无需手动设置
  • 图谱底部新增一行酶池与筛选开关，不用的时候可以收起来
  • 修复打开 GJSON / FASTA 文件后看不到酶切位点的问题
• 插入 / 替换序列更顺手：
  • 插入片段时可以搜索带酶切位点的序列、直接以反向互补形式插入
  • 可以直接粘贴蛋白质序列（自动翻译成 DNA），还能做密码子优化后再插入
• AI 助手：
  • 可以让 AI 反查某个质粒属于哪个项目分类，或列出某个分类下的全部文件
  • 基因文件库里「标签」列的 AI 批量刷新按钮增加了新手引导

🐛 问题修复与体验改进

• FASTQ 裁切不再出现左右切反的情况；快速拖动浏览时也不会再闪出空白
• 长序列快速滚动明显更流畅，4K 屏上高速滚动不再白屏
• 修复 SnapGene 文件里分裂特征显示错乱的问题
• 同一份文档不会再被两个 GenePad 窗口同时编辑而互相覆盖
• 选中区域恰好和某个标注完全重合时按 Del，会询问你是只删掉标注，还是连序列一起删除
• 不同类型的文件在电脑上有了各自专属的图标；双击关联文件用 GenePad 打开的兼容性更好
• 应用内的更新检查改为每天自动进行一次，有新版本能更快知道

完整变更：v0.6.6...v0.6.7

本次发布包含自 v0.6.5 以来的 22 项提交，重点消除启动白屏与空窗闪现、增强基因文件库交互（行右键菜单、窗口内 AI 设置），并换用全新多色描边图标，附一批 Linux / macOS 细节修复。

✨ 新功能

• 启动与窗口体验：
  • 所有窗口改为隐藏创建、首帧绘制完成后再显示，彻底消除启动白屏与空窗闪现
  • 窗口显示前将背景预设为主题色，去掉显示到首帧之间的白底；移除启动页 logo
• 基因文件库：
  • 表格新增行右键菜单：打开 / 打开所在目录 / 使用其它打开方式 / 移出文件库，右键同时选中该行
  • 设置入口改为窗口内「AI 设置」专用弹窗，内嵌与主设置窗相同的完整 AI 配置面板，不再跳回主窗口
• 图标与安装包：
  • 应用图标换用 v2 多色描边设计，基因文件库图标换为「冷藏样品盒 + 离心管」造型，全平台产物重新生成，并修复旧图标在部分渲染器下的暗色晕影
  • Android 自适应图标改为底色背景层 + 螺旋前景层，圆形 / 圆角方等任意遮罩下满幅无裁切
  • Windows 安装器完成页新增「添加到开始菜单」勾选（默认全选）；修复「立即运行」勾选不生效；升级安装提示文案简化
• AI：
  • 默认质粒标签提示词扩充免标注清单（T7 启动子 / 终止子、polyA），减少 AI 冗余标注

🐛 缺陷修复

• 基因文件库窗口开着时，双击桌面图标现在会显示主窗口（此前只聚焦库窗口，无法回到欢迎页）
• 每文件缓存与工具窗数据改为上限 100 条，不再无限增长；移除从不读取却写入完整序列 JSON 的缓存项
• Linux：补齐 16–256px 全尺寸图标（修复 48–96px 放大发虚）；桌面入口显示中文名「基因文件库」；窗口阴影改为 1px 描边，显示更清爽；标题栏按钮改为圆形；deb/rpm 系统安装不再写用户级残留文件，卸载更干净
• macOS：修复主窗口不显示的问题，应用图标恢复圆角

完整变更：v0.6.5...v0.6.6

本次发布包含自 v0.6.4 以来的 55 项提交，重点新增通用元件自动标注（内置 1591 条参考库，检测提速约 10 倍）、基因文件库桌面快捷方式，并全面换用矢量源生成的藏青螺旋新图标。

✨ 新功能

• 通用元件自动标注（新增）：
  • 内置 1591 个常见质粒元件参考库（启动子 / 抗性 / 复制子 / CDS / 荧光蛋白 / 2A 肽 / CAR·抗体元件等 22 类），一键自动标注全序列或选中区段
  • 核酸 / 肽段 / 蛋白三级检索：blastn 容错比对、肽段级精确匹配（密码子优化后的短标签也能识别）、blastp 蛋白流水线
  • 严格度预设与蛋白级检索开关；命中结果勾选预览后批量入库，note 写入中英双语说明与相似度 / 覆盖率
  • 相似度低于 95% 的命中自动加「like sequence / like protein」后缀；多段元件按参考段边界切分为分段标注
  • 检测全程可取消并显示真实进度；整体提速约 10 倍，CDS 蛋白路径另提速 2.4–5 倍
  • MCP 新增 common_feature.* 工具；「添加标注」菜单升级为添加标注 / 自动标注全序列 / 自动标注选定序列三项
• 基因文件库：
  • 新增独立桌面快捷方式，一键直达基因文件库（Windows .lnk / Linux 应用入口 / macOS 迷你启动器）
  • 右侧详情与标签云面板支持一键折叠，状态持久记忆；标题栏新增「设置」快捷入口
  • AI 未配置时常驻琥珀色提示条，一键直达配置页；AI 助手按钮自动拉起 MCP server
• 图标体系：
  • 全面换用藏青螺旋新图标，全部由矢量母版生成，修复 Windows 任务栏图标模糊
  • 深色模式下应用内 logo 自动切换为亮蓝螺旋；macOS / Linux 关联文件接入专属文档图标
• 其他：
  • AI 助手窗口改为单例，再次打开置顶已有窗口；AI 配置面板重排，操作更顺手
  • Windows 安装器：语言自动跟随系统、覆盖安装前确认、完成页整合快捷方式与「立即运行」

🐛 缺陷修复

• 修复通用元件检测停止按钮无响应，以及关闭窗口后自动标注永久失效
• 修复 AAV 类文件蛋白检测报错（带状行边界溢出）与小写 GenBank 序列导致检索全部失效
• 扫描 .gen 文件不再在原目录留下 -shm / -wal 伴生文件
• CDS 延伸段标签改为「XX阅读框延伸区」格式，语义更清晰

完整变更：v0.6.4...v0.6.5

本次发布包含自 v0.6.2 以来的 70 项提交，重点新增 CDS 阅读框延伸可视化、按文件记忆视图布局、基因文件库「文件管理」与项目分类，并带来 npm 与 Homebrew 两大全新分发渠道。

✨ 新功能

• CDS 阅读框延伸（序列视图）：
  • CDS 标注末尾缺少终止密码子时，沿翻译方向以虚线延伸并续显氨基酸，直至终止密码子（*）
  • 延伸虚线标注所属阅读框，与实心 Feature 同色背景，悬停 / 选中特效一致
  • 延伸区氨基酸可连续选中，点击虚线同时选中实心 + 虚线范围
  • 双击虚线延伸区，确认后一键把 Feature 标注范围扩展到完整阅读框
  • 跨行密码子只在起始行显示一次，交界氨基酸按真实三碱基居中
• 视图布局记忆：重新打开同一质粒文件时，恢复上次的 Map / 序列面板布局与序列视图滚动位置
• 基因文件库：
  • 新增「文件管理」列：按项目分类（支持嵌套子项目）与原始路径两种树视图，点击文件夹筛选，表格行可拖拽到项目归类
  • 新增「未分类」虚拟项目，自动收纳未归属任何项目的文件
  • 监视文件夹后台自动扫描新增 / 移除文件；扫描改为增量，未变化文件不再重复解析
  • AI 项目工具：通过 MCP 按项目 id 或完整路径管理文件归类
• 环形图谱：地图卡片底部新增横轴，拖拽两端手柄可调节外层标签椭圆环宽度（隐藏序列视图时显示）
• AI 助手：
  • 对话支持随时停止生成，输出不再限制长度
  • AI 翻译支持停止 / 重新翻译
• 编辑标注对话框：新增「显示氨基酸」勾选框；操作按钮固定底部；添加标注时自动生成初始名称
• 其他：
  • ORF 预测按钮图标改为「ORF」文字标识
  • 属性视图拓扑结构拨杆改为两段式样式
  • 选中悬浮面板背景改为半透明

🐛 缺陷修复

• 修复 .gen 格式保存崩溃与克隆模拟窗口无限循环
• 修复序列视图滚动位置恢复失效（挂载时的 {0,0} 上报把已存位置清零）
• 修复单行模式 CDS 虚线标签滚动时的跳动
• 修复基因文件库文件管理器标签页与标签云筛选范围

📦 分发

• 新增 npm 分发渠道：npm i -g @genepad/app
• 新增 macOS Homebrew cask：brew install genepad/tap/genepad

完整变更：v0.6.2...v0.6.4

本次更新重点重构了质粒图谱（环形 / 线性）的标签布局与高亮联动，AI 助手新增持久记忆与「AI 翻译语言文件」，并完善基因文件库与 Windows 安装体验。

✨ 新功能

• 质粒图谱（环形 / 线性）：
  • 标签布局全新重构：外环标签排布到最外层并自动避让，Feature 标签沿轨道弧形排列，图谱更清晰
  • Map / Sequence 标签高亮联动：悬停、Ctrl 多选，统一金色高亮，引物多结合位点同步指示
  • 新增引物显示开关，工具栏改为毛玻璃浮层，引物箭头与限制酶显示优化
• AI 助手：
  • 新增持久记忆，AI 可记住你的使用偏好
  • 支持按界面语言生成回复与会话标题，可自定义标签提示词
  • 扫描文件夹后自动携带文件分布上下文，辅助标签生成
• AI 翻译语言文件：
  • 新增「AI 翻译语言文件」功能：流式输出，实时显示思维过程与译文
  • 自定义语言导入支持跨窗口与重启记忆
• 基因文件库：
  • 支持文件存在性检测与一键清理缺失项
  • 列表项支持双击打开
• 打开方式：打开成功 / 失败后弹出结果提示（含错误详情），可一键关闭窗口
• 安装体验：
  • Windows 安装器支持中英文切换、许可协议与覆盖安装
  • 全平台文件关联；Windows 右键菜单启动时自动注册
• 其它：
  • 质粒库更名为「基因文件库」，标签云更名为「所有标签」
  • 文件名 / 路径悬停滚动显示

🐛 缺陷修复

• 修复若干 bug（图谱渲染、AI 输出、安装程序等）

完整变更：v0.6.1...v0.6.2

本次发布包含自 v0.6.0 以来的新增功能与修复，重点完善质粒库（Plasmid Library）模块的批量管理与 AI 标签生成、优化引物标签在图谱上的渲染与交互，并将引物 Tm 值计算迁移至 Primer3 引擎。

✨ 新功能

• 质粒库全面升级：
  • AI 自动标签生成：新增 tag 表、丰富 AI 上下文，并提供 plasmid.tags MCP 工具
  • 质粒库窗口单例、文件信息与标签编辑、扫描仅补缺标签
  • 多选批量操作、文件名修复、UI 改进与 MCP 提示词优化
  • MCP 自动开启、冷启动优化、标签芯片编辑器
• 引物 Tm 值计算迁移至 Primer3：退火温度计算更准确
• 引物标签渲染与交互优化：
  • 序列图谱上的引物标签显示优化
  • 环形图谱引物标签布局改进，防止标签重叠
  • Feature 与引物标签渲染优化，跨序列视图（环形/线性）的引物交互改进
• 工具箱菜单分类：顶栏工具箱按功能分类展示
• 顶栏快捷工具可配置 + 属性按钮激活态
• 属性面板化 + AI 供应商扩展与思考开关
• AI 聊天体验改进：思考/输出按时间顺序交错显示，复制按钮移至左下角，支持复用空白会话
• MCP 新增 file.open 与 file.reveal 工具：AI 可打开文件并在文件管理器中显示
• 主题切换左侧新增打开方式按钮

🐛 缺陷修复

• 质粒库：保存后刷新质粒指纹并暴露标签生成状态
• 质粒库：重开文件稳定触发标签回填与后台重生成，支持空标签重生成
• AI：思考图标旋转修正，输出内容可选中并支持右键复制
• 打开方式：外部打开前先关闭文件，并增加 isDirty 安全保护
• Android：更新下载改为在浏览器中打开
• 电泳模拟器：细化 ladder 控件交互

🔧 维护

• 引物 Tm 计算引擎迁移（Primer3）与绑定诊断改进

完整变更：v0.6.0...v0.6.1