.gjson 文件定义

• 唯一必须的字段是 sequence，且必须非空——否则整个文件被拒绝（错误「GJSON file contains no sequence」）。version 不是必须的，读取器兼容无版本号的旧文件。
• 显示名解析链：custom_name（非空白）→ id（有意义时）→ "Unnamed"。占位 id（如 "."、空串、去掉非字母数字后为空）不作为名字。
• length 缺失或为 0 时按 sequence 实际长度计算；isCircular 缺省 false；isDoubleStranded 缺省 true。
• 分段容错：features / primers / baseColorRanges / alignmentEntries / references 任何一段反序列化失败，只丢弃该段并记入 warnings——序列本体不受影响。例如某个 feature 的 start 写成了字符串，整个 features 数组被跳过，但序列照常加载。
• feature 的 segments 段数 ≤ 1 时直接忽略（单段 feature 只用顶层 start/end）。
• 不持久化的内容：限制酶位点（加载后重新检测）、Dam/Dcm 甲基化状态、测序图谱（chromatogram）。
• 坐标为 1-based inclusive；环形序列跨原点时 start > end，与 .gen 相同。

就是普通 JSON，标准库直接读。可下载真实示例文件试跑：41-pPUR-P2A-BFPnls-sgRNA1-RNF2_4AtoG_MS2-MA.gjson（18 KB，7,952 bp 环形慢病毒 sgRNA 载体，25 个 feature、2 条引物）：

import json

doc = json.load(open("plasmid.gjson", encoding="utf-8"))

print(doc["custom_name"], doc["length"], "bp,",
      "环状" if doc["isCircular"] else "线状")
print(doc["sequence"][:30] + "…")

for f in doc["features"]:
    print(f["start"], f["end"], f["type"], f["name"], f["strand"])

for p in doc["primers"]:
    for s in p["bindingSites"]:
        print(p["name"], s["boundStrand"],
              round(s["meltingTemperature"], 1), "°C")

41-pPUR-P2A-BFPnls-sgRNA1-RNF2_4AtoG_MS2-MA 7952 bp, 环状
ttggggttgcgccttttccaaggcagccctgg…
7687 7715 misc_feature 4AtoG forward
...（共 25 个 feature）
Primer 2 reverse 80.9 °C
Primer 1 forward 73.0 °C

对读取器而言，一行也够——只要有非空的 sequence：

{ "sequence": "ATGGC..." }

而 GenePad 写出器产出的完整骨架如下（真实样本节选，长序列截断；键序即写出顺序）。注意缺失的可选元数据写成显式 null，空数组对应的键整个省略：

{
  "version": "1.9",
  "id": "gjson-1787405886329",
  "type_of_display": "file_name",
  "custom_name": "41-pPUR-P2A-BFPnls-sgRNA1-RNF2_4AtoG_MS2-MA",
  "description": "ORIGDB|GenBank",
  "sequence": "ttggggttgcgccttttccaaggcagccctggg…",
  "length": 7952,
  "isCircular": true,
  "isDoubleStranded": true,
  "accession": "-",
  "organism": null,
  "date": "2021.6.10",
  "moleculeType": null,
  "division": null,
  "gbVersion": null,
  "keywords": null,
  "source": null,
  "comments": null,
  "references": null,
  "features": [ … ],
  "primers": [ … ]
}

该样本没有碱基着色和比对条目，所以没有 baseColorRanges / alignmentEntries 键——为空时写出器直接省略，而不是写 []。

.gjson 不存储：撤销/重做栈（undo_entries）、编辑审计（edit_history）、附件（attachments）、主序列与比对条目的测序图谱（chromatogram）、Dam/Dcm 甲基化、引物可见性（写出时写 null）、feature 多段注释里的段级 name/color、显示名策略（typeOfDisplay）。需要完整工程快照请使用 .gen；两者坐标体系（1-based inclusive、跨原点 start > end）完全一致，互转不涉及坐标换算。

• .gen 文件定义——完整项目格式（SQLite），含 .gen → .gjson 导出脚本。
• .dna 转换——SnapGene .dna 的读取与转换说明。
• Rust 读取示例——rusqlite 依赖配置与 .gen / .gjson 读取代码。